制药工程系开设有制药工程、中药学两个本科专业，生物制药技术、药品经营与管理两个专科专业。其中，制药工程专业为省级教学改革综合试点专业和省级战略性新兴（支柱）产业人才培养专业。该系的《生药学》被评为省级精品课程，《药理学》、《药剂学》、《药用植物学》等核心专业课被评为校级精品课程。

制药工程系师资力量雄厚，先后引进了一批来自于武汉大学、沈阳药科大学、中国医学科学院、上海药物研究所等重点高校和科研院所的优秀博士，建设成了结构合理的教师团队。具体包括教师54人，其中教授、副教授18人，讲师24人，“双师型”教师12人，博士10人，校级杰出青年教师1人，青年教师拥有博士、硕士学位的占90%以上。名誉系主任詹亚华教授现任中国中医药学会中药鉴定专业委员会顾问，享受国务院特殊津贴。系内教师科研水平较高，教师发表论文200余篇，其中SCI 37篇、EI 9篇；主编、参编教材10本，专著6部；承担有国家自然科学基金1项、湖北省自然科学基金2项、武汉市晨光计划2项及省市教育局等科研项目29项。

制药工程系高度重视实践教学和应用型人才培养，设有生药学、药剂学、药物化学、医药学基础等4个教研室、1个实验教学中心和1个药物研究所，拥有一批高档精密仪器。具体包括8个专业实验室、2个校内实训基地（中药标本馆、药用植物园）和14个校外实训基地，其中九州通医药集团实训基地2012年被评为省级实习实训基地，为学生实习、实训及就业提供了有力保障。同时为培养学生的职业技能，提高学生综合素质和实际动手能力，该系定期开展药物分析工、中药质检工职业资格的培训及资质认定，效果良好。

制药工程系在学生就业和继续升学深造方面也有可喜的成就。毕业生就业率长期保持在95%以上，就业质量不断提高。自2007年起，该系与湖北省最大的民营企业九州通医药集团有限公司联合开办“订单式培养”特色班，先后有500余名毕业生通过“订单式培养”被该公司录用，还有一大批毕业生成长为全国医药卫生企事业单位业务骨干。同时，近两年来本科毕业生中有70多名通过研究生考试，其中30多名被“985”、“211”重点大学录取。

制药工程系先后被授予“湖北省大学生阳光体育运动先进基层单位”、“校级文明单位”、“安全文明单位”等多项荣誉称号。